En sus inicios, el museo se centraba principalmente en la antropología, la arqueología natural, los animales y las plantas como objetos de colección, exhibición e investigación. En 1972, el museo eliminó todas las colecciones de ciencias naturales y el enfoque de su exposición pasó de las ciencias naturales originales a las ciencias sociales, la historia fundacional y las exposiciones de arte. Después de su inauguración en 1976, se convirtió en un lugar importante para que los artistas locales realizaran exposiciones. La Colección de Ciencias Naturales está a cargo del Museo de Ciencias de Singapur y la Universidad Nacional de Singapur.
En 1993, el Museo Nacional estaba bajo la jurisdicción de la Junta del Patrimonio Nacional y estaba dividido en tres partes: el Museo de Arte de Singapur, el Museo de las Civilizaciones Asiáticas y el Museo de Historia de Singapur.
El Museo de Historia fue restaurado en dos fases. Añadir un edificio administrativo, duplicar el área a 4.000 metros cuadrados, establecer ocho salas de exposiciones permanentes, una sala de exposiciones temporales, una cafetería y una tienda de recuerdos, establecer un patio cubierto y soleado entre los edificios delantero y trasero, y conservar un parque infantil área de juegos de exploración y agregar aulas y salas audiovisuales.
El Museo de Historia de Singapur es el museo más antiguo de Singapur.