A principios de la era cristiana, se establecieron en la península malaya antiguos reinos como Chajet, Langya Bang y el antiguo Johor.
A principios del siglo XV, el Reino de Manchia se unificó con Malaca como centro. Desde el siglo VII hasta el siglo XIV d.C., la civilización Sambuchi en Sumatra alcanzó su apogeo y su influencia se extendió a la mayor parte de las áreas de Sumatra, Java, la península malaya y Borneo.
El Islam se extendió a Malasia ya en el siglo X d.C., pero no fue hasta los siglos XIV y XV d.C., poco después de la destrucción de los Tres Budas, que el Islam sentó sus bases en la península malaya. La región estaba dividida en varios sultanatos predominantemente islámicos, el más destacado de los cuales era el Sultanato de Malaca. La cultura islámica tiene una profunda influencia en los malayos, pero también está influenciada por los malayos. El último hijo del sultán de Malaca huyó a la isla Tam Bin en el extremo sur de la península malaya, donde fundó un nuevo estado, el sultán de Johor. Después de la desaparición del dominio de Malaca, el archipiélago malayo se fragmentó en muchos estados pequeños que luchaban constantemente entre sí, los más importantes de los cuales eran Aceh, Brunei, Johor y Perak. Otros incluyen Banten, Yogyakarta, Kedah, Selangor, Sulu y Tengjialu.
A finales de 2016, comerciantes europeos descubrieron depósitos de estaño en el norte de Malasia. Al exportar estaño, Perak se hizo rico y poderoso. El poder colonial europeo continuó expandiéndose en la región. Portugal controlaba el comercio con las Molucas, ricas en especias. España capturó Manila en 1571.
Del 65438 al 0607, el Sultanato de Aceh surgió y se convirtió en el país más poderoso y rico del archipiélago malayo. Bajo Iskandar Damu, el control del Sultanato se extendió a Sumatra y gran parte de la península malaya. Conquistó Pahang, la región productora de estaño de la península malaya, y exilió al sultán Pahang a Aceh. Su Armada se derrumbó durante el ataque a Malaca en 1629. Según los libros de historia portugueses, la coalición luso-rusa logró destruir todos sus barcos y mató a 19.000 soldados. Pero el poder militar de Aceh no fue destruido, porque ese mismo año Aceh conquistó Kedah y trasladó a mucha gente de Kedah a Aceh. El sobrino del sultán, Iskandar Sani, era príncipe de Pahang y más tarde se convirtió en su heredero. Durante el reinado de Iskandar Thani, Aceh se centró en consolidar la unidad interna y religiosa.
El debilitamiento del sultanato malayo durante este período creó las condiciones para que personas de otras regiones se mudaran a estos hogares malayos. Los piratas bugis del este de Indonesia asaltaban con frecuencia la costa malaya. En 1699, asesinaron al último sultán de ascendencia malaca en Johor y tomaron el control de Johor, mientras que otros Bugis tomaron el control de Selangor. El pueblo Minangkabau de Sumatra también emigró a Malaya y finalmente estableció su propio país, Sembilan. La caída de Johor dejó un vacío de poder en la península malaya. El Reino de Ayutthaya de Siam llenó parcialmente el vacío, convirtiendo a los cinco estados del norte de Malaya (Kedah, Kelantan, Pattani, Glass City y Teng Ka Lau) en sus propios vasallos. La caída de Johor también convirtió a Perak en el líder del sultanato malayo.
En el siglo XVIII, la importancia económica de Malasia para Europa creció rápidamente. En particular, el comercio de té entre Gran Bretaña y China aumentó la demanda malaya de estaño de alta calidad, que se utilizaba para el revestimiento de las cajas de té y tenía un efecto a prueba de humedad. La pimienta malaya también goza de gran reputación en Europa y hay minas de oro en Kelantan y Pahang. El desarrollo de la minería del estaño y el oro y sus industrias auxiliares provocó la primera afluencia de inmigrantes extranjeros al mundo malayo, primero árabes e indios y más tarde chinos. Los chinos se establecieron en pueblos y ciudades y rápidamente tomaron el control de la actividad económica. Esto preparó el escenario para los próximos 200 años de Malaya. Japón ocupó esta zona de 1942 a 1945, y Malasia fue ocupada por Japón. Aunque la ocupación japonesa duró relativamente poco, inspiró el nacionalismo anticolonial en Malasia y otros lugares. El nacionalismo malayo alimentó la oposición china. Los chinos temían el dominio malayo e islámico, por lo que muchos chinos se unieron a Malaya. Con la fuerte represión del ejército británico y las concesiones negociadas por los líderes políticos malayos y chinos, los disturbios sangrientos se extinguieron y los multiétnicos Estados Unidos de Malaya declararon su independencia en 1957.
El 31 de agosto de 1963, Singapur británico y Borneo del Norte (Sabah) declararon su independencia. El 22 de julio de 1963, Sarawak declaró su independencia. En septiembre de 1963, se fusionó con la Federación de Malaya. la Federación de Malasia. Con la incorporación de Singapur, dominada por los chinos, la población china en Malasia sigue creciendo.
En ese momento, los chinos representaban aproximadamente el 42% de la población de Malasia, lo que equivalía a los malayos. Más tarde, el concepto de "supremacía malaya" se hizo cada vez más fuerte. Creían que los malayos eran los amos o el pueblo privilegiado de Malasia o Malaya, y se consideraba que los chinos y los indios estaban en deuda con los malayos. Las élites malayas también comenzaron a preocuparse de que un Singapur de mayoría china debilitara a su población mayoritaria y dominara el entorno político y económico de Malasia.
El 8 de agosto de 1965, la coalición gobernante del BN encabezada por la UMNO aprovechó sus ventajas parlamentarias y aprobó una resolución para expulsar a Singapur y Malasia. El 9 de agosto, Singapur anunció su retirada de Malasia. El objetivo del gobierno es la "Visión 2020" para hacer de Malasia una nación avanzada para 2020. Sin embargo, esto deja una pregunta sin respuesta sobre cuándo y cómo Malasia implementará plenamente los sistemas políticos del primer mundo (democracia multipartidista, medios de comunicación libres, poder judicial independiente, restauración de las libertades civiles y políticas) para alcanzar la madurez económica de sus pares.