Pero lo que Marcus Hahnemann no esperaba era que la próxima vez que jugaría con Estados Unidos sería ocho años y medio después. En junio de 2003, Marcus Hahnemann volvió a representar a Estados Unidos en un partido amistoso. Fue una prueba antes de la Fed Cup, pero Marcus Hahnemann no pudo representar a Estados Unidos en la Fed Cup.
En 2005, Marcus Hahnemann tuvo dos oportunidades de jugar para la selección de Estados Unidos y ganó la Copa Oro de la CONCACAF con el equipo. Posteriormente fue convocado a la selección estadounidense para la Copa del Mundo de 2006, vistiendo la camiseta número 19. Pero debido a la presencia de Keller y Howard, Hahnemann no pudo jugar el Mundial de Alemania.
El 27 de mayo de 2010, Marcus Hahnemann fue seleccionado por el entrenador en jefe del equipo estadounidense, Bob Bradley, como los últimos 23 jugadores para participar en la Copa del Mundo. El veterano portero, que está próximo a cumplir 38 años, representa por segunda vez a Estados Unidos.