De 1978 a 1981, estudió como estudiante de posgrado en el Instituto de Alta Física de la Energía, Academia de Ciencias de China por segunda vez y permaneció en el instituto para trabajar después de graduarse. Ambos estudiantes de posgrado estudiaron con el académico Hu Ning.
El 4 de marzo de 1982 recibió un doctorado en ciencias y se convirtió en el primer doctorado otorgado por China.
El 4 de marzo de 1982, el Comité de Evaluación de Títulos del Departamento de Física Matemática de la Academia de Ciencias de China aprobó por unanimidad una resolución aprobando el premio a Ma Zhongqi, un estudiante graduado del Instituto de Física de Altas Energías. . Ma Zhongqi se convirtió en el primer médico premiado por China.