Las principales diferencias entre los dos libros son el momento y el trasfondo de la escritura, el contenido, la influencia y el estatus.
1. Los "Cuatro Clásicos del Emperador Amarillo" fueron compilados por científicos médicos durante el Período de los Reinos Combatientes. El momento específico de su redacción se remonta al siglo III a.C. El "Huangdi Neijing" fue compilado por científicos médicos a principios de la dinastía Han Occidental, alrededor del siglo II a.C.
2. Los "Cuatro Clásicos del Emperador Amarillo" cubren muchos campos como la filosofía, la política, el ejército, la astronomía, el calendario, la meteorología, las matemáticas, la física, la medicina, etc. El "Huangdi Neijing" se centra principalmente en la teoría de la medicina tradicional china y los principios básicos de diagnóstico y tratamiento.
3. Los "Cuatro Clásicos del Emperador Amarillo" son conocidos como una de las fuentes de la antigua filosofía china y han tenido un profundo impacto en las generaciones posteriores de la filosofía, la cultura, la medicina y otros campos. El "Huangdi Neijing" se considera la base de la teoría de la MTC y tiene una importante importancia rectora para la práctica clínica de la MTC.