Los portugueses llegaron aquí en 1511. Esto llevó a un debate durante los siguientes cien años. Primero hubo un conflicto entre los portugueses y el sultán de Titori, luego los portugueses y los españoles, los británicos y los holandeses, y al final ganaron los holandeses. Durante este período, la lucha por el control de la zona mató a muchas personas. El victorioso holandés obtuvo enormes beneficios. Pero a finales de 2018, el comercio de especias disminuyó drásticamente y la economía de las Islas Molucas quedó estancada.
Después de la Segunda Guerra Mundial, los holandeses incorporaron las Islas Molucas al estado de Indonesia Oriental para restablecer el dominio colonial en la India Oriental.
Las Molucas fueron incorporadas a la República de Indonesia.
En 1950, Christian Ambon lideró las Molucas del Sur en una breve rebelión contra la Nueva República.