Las dos palabras tienen significados diferentes.
Poco conocido y desconocido son sinónimos, pero sus significados son diferentes. Desconocido significa que nadie sabe sobre este asunto, lo que indica que este asunto está muy oculto.
Y poco conocido significa que pocas personas lo saben, pero en realidad alguien lo sabe, y ser poco conocido es una sensación asombrosa y emocionante.