En la ciudad de Mitakihara, la chica mágica Madoka Shikama (con la voz de Yuuki Aoi) y su amiga Sayaka Miki (con la voz de Eri Kitamura), su mayor Tomoe Asami (con la voz de Kaori Mizuhashi) y Kazamino del pueblo vecino. Sakura Kyoko (con la voz de Ai Nonaka), trabaja en conjunto para luchar contra Knightmare, un monstruo que es la encarnación de las pesadillas humanas. Al encontrarse con otra reencarnación, Homura Akatsuki (con la voz de Chiwa Saito) se transfirió a la escuela secundaria Mitakihara y las cinco chicas mágicas se reunieron. Un día, Xiaomei empezó a sospechar de la violación actual. Concertó una cita con Kyoko para investigar, pero descubrió que era imposible salir de Mitakihara, confirmando así el hecho de que su memoria había sido fabricada.
Poco después, Xiaomei recuperó sus recuerdos pasados y descubrió que el Mitaki actual era originalmente un mundo donde las brujas no aparecían en absoluto y estaba aislado y cerrado por una barrera. Después de pensar y explorar, se reveló la causa, la verdad y el creador de la barrera gigante. Es solo que las diversas anomalías en la barrera la inquietaron bastante, lo que también desencadenó un feroz conflicto con Tomoe Asami. Sayaka, que parece entenderlo todo, persuade a Xiaomei para que se conforme con un status quo feliz sin la "bruja". Parece que el trágico destino de Madoka no se puede cambiar pase lo que pase. Xiaomei, que está profundamente desesperada y triste, no puede evitar darse cuenta de la transformación en bruja. El enorme y inconmensurable poder generado por el "amor" es suficiente para destruir las barreras, leyes, leyes del universo y todo lo que existe en el mundo. ¿Puede terminar aquí el ciclo de la tragedia?