Drosophila tiene sólo cuatro pares de cromosomas. Incluyen un par de cromosomas sexuales, a menudo llamado primer par o cromosomas X e Y, y tres pares de autosomas. Estos últimos se registran como el segundo, tercer y cuarto par de cromosomas. El cuarto par de cromosomas es pequeño y contiene pocos genes. Las moscas de la fruta son excelentes para la investigación. Se puede cultivar una gran cantidad de moscas de la fruta en una botella y reproducirlas rápidamente. Martin Buchs publicó su libro
En el año 2000 se secuenciaron 13.600 de sus genes. La mayoría de los genes son sorprendentemente similares a los genes humanos. La investigación también ha descubierto oncogenes humanos o oncogenes potenciales (Oncogenes) relacionados con el desarrollo del cáncer en el material genético de las moscas de la fruta.
En el estudio de la biología del desarrollo, los humanos también hemos adquirido muchos conocimientos de las moscas de la fruta. Ya en 1900, el profesor de la Universidad de Harvard, William Custer, utilizó por primera vez a la Drosophila como tema de investigación embrionaria. Desde entonces, las moscas de la fruta se han utilizado ampliamente en este campo. En la década de 1970, el científico alemán Christian Neuslein-Forhard comenzó a estudiar los genes del desarrollo de las moscas de la fruta. Aprendió que cuatro genes en el óvulo determinan o monitorean el desarrollo del óvulo fertilizado (ver genes Hox). En 1980, publicó un artículo "Variaciones que afectan el número y la polaridad de los somitas en Drosophila melanogaster", por el que compartió el Premio Nobel de Fisiología o Fisiología con Edward B. Lewis y Erich Wishaus de los Estados Unidos.