Quizás el aspecto más interesante de The Matrix Online sea la trama que se desarrolla a partir de las acciones de los jugadores, al menos en teoría. Pero la mayor parte de la forma en que se narra la trama es a través de información textual simple. El juego solo tiene una pequeña cantidad de voces que actúan durante momentos importantes, como reuniones con líderes de facciones. El diálogo no es impresionante y hay errores tipográficos ocasionales. Sin embargo, este juego también tiene sus propias ventajas: las personalidades de las tres fuerzas son sobresalientes. Incluyendo humanos que intentan sobrevivir con máquinas; máquinas que esperan mantener su autoridad en el nuevo mundo y una misteriosa organización clandestina "Los Exiliados". Obviamente, los humanos son los "buenos" en esta batalla, pero las otras dos fuerzas no son absolutamente "malos", y también es interesante para el jugador unirse a las otras dos fuerzas como humano. Pero en realidad, tu elección de unirte a diferentes facciones no tiene un gran impacto en tu juego. Las tareas que debes completar son todas iguales, la única diferencia es quién las completa.
El sistema de desarrollo de personajes bastante abierto del juego te permite elegir libremente las habilidades que quieres dominar.
El núcleo del juego no es muy diferente al de otros juegos de rol online. En este juego, los "hackers" y los "operadores" equivalen a los roles de magos y guerreros en otros juegos similares. Entonces, si has jugado otros juegos de rol en línea, puedes comenzar rápidamente en este juego. El combate en el juego se basa en semi-turnos y las misiones se generan aleatoriamente. Después de derrotar enemigos y completar tareas, puedes ganar dinero, puntos de experiencia y botines como armas y ropa. Puedes completar la misión solo o formar equipo con varios otros jugadores para completar la misión. Además, hasta 12 jugadores pueden formar un equipo más estable llamado "tripulación" (como la tripulación de una nave espacial en la película). Varios equipos de "tripulaciones" también pueden formar una "facción", que equivale a los gremios en otros juegos similares. En términos de combate, además del combate cuerpo a cuerpo, tiroteos y "virus" (magia), los jugadores también pueden crear algunos accesorios mediante la "compilación". En resumen: todo lo que encuentras en otros juegos de rol en línea está disponible en The Matrix Online, en su mayoría con nombres diferentes. Además, aunque la interfaz del juego no es muy fácil de usar, algunas cosas como el reproductor multimedia integrado y la mensajería instantánea de AOL siguen siendo muy útiles.