¿No debería rellenarse?
Patrones de oraciones como deben expresar especulaciones sobre el pasado. En el pasado, el verbo auxiliar era did, porque la primera mitad de la pregunta antónima era afirmativa, seguida de la forma negativa, y el sujeto era ellos, es decir, no había ellos.
Se habrán quedado anoche en el hotel, ¿no?