Al igual que otros pensamientos filosóficos, el verdadero pensamiento filosófico árabe comienza con la filosofía natural. Por ejemplo, la Verdadera Hermandad intentó popularizar el conocimiento de la filosofía científica, pero la esencia de su filosofía era el neoplatonismo místico, con considerables elementos de neopitagorismo. La teoría de Raki de los cinco orígenes eternos desafía las ideas islámicas tradicionales. Objetivamente hablando, los liberales árabes tienden a ser materialistas y ateos. Gradualmente se desarrollaron en disputas con el escolasticismo conservador y se convirtieron en la corriente principal de la filosofía islámica. Ghazali lanzó un feroz ataque contra los filósofos árabes y completó el sistema filosófico del pragmatismo islámico basado en la doctrina Ashari y el sufismo, que se convirtió en la filosofía oficial. Ibn Rushdie respondió a las críticas de Ghazali y defendió con éxito la filosofía árabe aristotélica. A principios del siglo XIII, las fuerzas conservadoras persiguieron a los peripatéticos árabes y cada vez más obras filosóficas fueron confiscadas y quemadas públicamente, lo que asestó un duro golpe a la filosofía islámica. Los problemas internos y externos hicieron que la cultura árabe cayera en picado. La filosofía islámica se encontraba en un estado de estancamiento después de entrar en el siglo XV. No fue hasta el movimiento de liberación ideológica árabe de finales del siglo XIX y principios del XX que recuperó su vitalidad.
Cabe señalar que los árabes entendieron el aristotelismo principalmente a través de la interpretación de los neoplatónicos. De hecho, los primeros peripatéticos defendían principalmente la doctrina de Aristóteles, mezclada con el neoplatonismo y varias filosofías orientales. Por ejemplo, durante mucho tiempo los árabes consideraron la teología y el karma como obras de Aristóteles. De hecho, el primer libro es una interpretación de los volúmenes cuarto a sexto de "Nueve capítulos" de Plotino; el último libro es un extracto de "Pura virtud" de Rodin Cruz. Estos dos libros son las principales fuentes griegas de la cosmología desbordante propuesta por los filósofos árabes. Este malentendido no se corrigió por completo hasta Ibn Rushdie.