El 7 de mayo de 2012, fue nombrado subsecretario y jefe de distrito interino del Comité del Distrito de Liwan de la ciudad de Guangzhou.
En mayo de 2012, concluyó la segunda sesión del 15º Congreso Popular del Distrito de Guangzhou Liwan y el alcalde del Gobierno Popular del Distrito de Liwan fue elegido mediante elecciones parciales.
Desde 2013 hasta diciembre, Yan Yongjun se desempeñó como subsecretario general del gobierno municipal de Guangzhou, comandante en jefe de la sede de Meizhou de apoyo a la contraparte de Guangzhou y, al mismo tiempo, se desempeñó como miembro del Comité Permanente de la Comité Municipal de Meizhou y teniente de alcalde.