La Universidad de Tokio, la Universidad de Kioto, la Universidad Hitotsubashi, la Universidad de Osaka, la Universidad de Tohoku, el Instituto de Tecnología de Tokio (ésta también se considera un tipo de universidad nacional).
Si cuentas las escuelas privadas, añade la Universidad de Keio y la Universidad de Waseda.
A excepción de la Universidad de Tokio y la Universidad de Kioto, la Universidad de Osaka y la Universidad de Tohoku son similares, dependiendo de la especialidad. La Universidad de Kobe, la Universidad de Nagoya, la Universidad de Kyushu y la Universidad de Hokkaido son todas antiguas universidades imperiales y sus clasificaciones tienen poca importancia. Luego están la Universidad Tea Girl, la Universidad Nacional de Yokohama, la Universidad de Hiroshima y la Universidad Sophia, que también son universidades famosas.