La segunda frase debería traducirse como convertir RMB a yen japonés.
"を" indica un objeto directamente afectado por la acción.
El "に" aquí representa el resultado del cambio del objeto afectado (también puede ser el punto final del movimiento dependiendo del verbo, como mover una posición, ponerlo en el libro, ponlo en el libro, ponlo en el libro, en el libro).
Distinguiendo estos dos puntos, creo que no es difícil distinguir entre wo y ni.