Establecer un centro de investigación de ciencias vegetales,
establecer un centro de investigación integral para la ciencia de ocurrencia y renovación,
establecer un centro de investigación de polimorfismos genéticos. El Instituto de Investigación de Yokohama está formado por el Centro de Investigación Integrado de Ciencias del Genoma existente, el Centro de Investigación de Variación Genética recientemente establecido y el Centro de Investigación de Ciencias Vegetales, que reúnen de manera efectiva la experiencia científica y tecnológica más avanzada del instituto en genoma, proteínas y genética humana y vegetal. Departamento de Investigaciones Técnicas. Desde junio de 5438 hasta octubre de 2000, más de 360 científicos comenzaron a participar aquí en actividades de investigación en ciencias genéticas. El Centro de Investigación de Recursos Biológicos se estableció en 2001 y el Centro de Inmunología y Ciencias de Alergias. En 2002, se estableció el Instituto Central de Investigación y el Instituto de Investigación de Kobe. Están el Centro de Investigación Integral en Biología del Desarrollo y el Centro de Investigación Integral en Medicina Regenerativa. En 2003, Riken se reorganizó y estableció un sistema de investigación colaborativa interdisciplinaria construido como una entidad jurídica administrativa independiente, abriendo nuevos campos de investigación y realizando investigaciones "semillas" para aplicaciones industriales. En 2004, se estableció un "sistema integral de investigación conjunta" con la industria. Las empresas nacionales en Japón proponen temas de I+D, o solicitan abiertamente o seleccionan conjuntamente nuevos temas de investigación para integrar las capacidades de I+D de RIKEN con las capacidades de las empresas y promover la combinación de ambos en las etapas básica y de aplicación. En 2005, se creó el Centro de Estrategia de Propiedad Intelectual para adaptarse a las necesidades sociales y acelerar la industrialización de los resultados de la investigación en patentes. En julio de 2005, el Instituto de Investigación de Kobe estableció el Centro de Apoyo a la Red de Investigación de Enfermedades Infecciosas y el Centro de Investigación Integral de Ciencias de la Radiación, y en abril de 2006, se estableció el Centro de Investigación del Acelerador Nishimei. En junio de 2006, se desarrolló con éxito el prototipo Spring-8 de 60 metros de láser de electrones libres de rayos X de 700 metros de largo. El FRC, el IRC y el SRC establecieron el Instituto de Investigación de Imágenes Moleculares en Kobe en abril de 2007. Se estableció la fábrica de radioisótopos. en 2007. El Centro de Investigación Integrada en Ciencias del Genoma, creado por la RIBF en marzo de 2008+0998, está cerrado. En abril de 2008, el Discovery Institute y Advanced Research Systems se fusionaron para formar el Advanced Science Institute (ASI).
El Centro de Investigación SNP se fusionó con el Centro de Medicina Genómica, el Centro RIKEN-MIT de Genética de Circuitos Neurales (CNCG) se estableció en junio y octubre de 2008, y el Centro de Ciencias de Imágenes Moleculares (CMIS). se estableció en julio de 2010., el Instituto de Ciencias Computacionales Avanzadas se estableció en abril de 2011 y se estableció el Centro de Biología Cuantitativa.