づ(du) y ず(zu) son fáciles de distinguir, se usan en palabras diferentes.
La diferencia entre じ (di) y じ (ji) no es tan obvia. Al igual que la palabra じる, mi seudónimo actual es とじる, pero antes lo escribía como とぢる.
No es necesario profundizar en este tema, porque cada personaje tiene un seudónimo fijo. Sólo recuerda qué seudónimo se utiliza.
En cuanto a), también es posible escribir sub. En cuanto a por qué existe ji, mi idea es que Romaji está hecho para adaptarse al inglés (lo mismo que el Pinyin chino), y en términos de pronunciación en inglés, ji está más cerca de la pronunciación original del japonés, por lo que a menudo se usa ji.