Cuando se usa como conjunción, se pronuncia wa. Cuando se usa para otros fines, generalmente se pronuncia ha.
こんにちは es lo mismo que これ, no es una oración completa, sino solo media oración. La segunda mitad de la oración se omite, por lo que "は" en este tipo de frase sigue siendo una conjunción, por lo que se pronuncia wa, はは.