La H se llama hemaglutinina y la N se llama neuraminidasa. Ambas son glicoproteínas distribuidas en la superficie del virus. H tiene de 1 a 15 subtipos y N tiene de 1 a 9 subtipos (en el caso de los virus A). Debido a las diferentes combinaciones de H y N, el virus tiene diferente virulencia y velocidad de transmisión.