La tarde del 15 de octubre de 1959, Stepan Bandera fue encontrado tirado sobre un charco de sangre en la puerta de un apartamento en la calle Kreitmaier 7 en Múnich. Aún respiraba, pero murió poco después. Una autopsia demostró que murió por envenenamiento. Dos años más tarde, en 1961117, el Ministerio de Justicia de Alemania Occidental anunció que el asesino de Stepan Bandera era Bogdan Stashinsky, a quien Shelepin y Jruschov habían ordenado llevar a cabo la tarea. Después de una cuidadosa investigación de Staszynski, el tribunal conoció el caso el 8 de octubre de 1962, 15. El veredicto se anunció el 10 de junio y Stashinski fue condenado a ocho años de prisión. Después de que el Tribunal Supremo de Alemania Occidental confirmara el asesinato de Bandera en Karlsruhe, consideró que el gobierno soviético era el principal responsable del caso.
El 20 de octubre el cuerpo de Stepan Bandera fue enterrado en el cementerio forestal de Múnich.
El 1 de enero de 2010, el presidente ucraniano Viktor Yushchenko concedió póstumamente a Stepan Bandera el título de "Héroe de Ucrania", provocando fuertes protestas en Polonia. La razón es que la organización armada liderada por Bandera llevó a cabo masacres a gran escala en el este de Polonia durante la Segunda Guerra Mundial, y murieron 654,38 millones de polacos.