Pero olnupiravir no bloquea directamente el alargamiento del ARN insertando ARN copiado, sino que lo inserta como una base incorrecta en el código genético del virus. A medida que se acumulan las mutaciones, la traducción terminará temprano. Esto finalmente bloquea la replicación viral.
Debido a este mecanismo, se considera que Molnupiravir tiene potenciales riesgos genotóxicos, y su resultado en la prueba de mutagenicidad (Ames) fue positivo.
Además, Molupiravir inhibe la replicación viral induciendo "mutaciones letales", lo que teóricamente aumenta la posibilidad de mutaciones virales, reduciendo así la eficacia de vacunas y fármacos. En estudios clínicos, se encontró que era más probable que se detectaran mutaciones de secuencia en el virus que en el placebo en sujetos tratados con molupiravir.