En el año 16 de Shunzhi (1659), fue nombrado gobernador de Jiangsu y ofreció sugerencias para resistir la entrada de Ming y Zheng Chenggong al río Yangtze. Durante su mandato, saqueó excesivamente y fue llamado "Zhu". En nombre de la resistencia al grano, creó el caso de tráfico de Jiangnan.
En el año 18 de Shunzhi, se dice que las cuatro prefecturas de Su, Song, Chang y Zhen debían a la nobleza más de 10.000 yuanes, todos los cuales eran resistentes al grano y desollados, con con el fin de "descartarlos". En el caso del Templo de los Lamentos, Luo Zhi fue acusado de matar a Suzhou Jin Shengtan, Ni Yongbin y otros. Zhu Guozhi arrestó a Jin Shengtan, el fundador del Templo de los Lamentos, como el primer infractor. Fue acusado de sacudir los corazones de la gente y promover el caos, lo cual era diferente de los crímenes previstos por la ley nacional. Fue condenado a muerte y ejecutado en la calle Sanshan, Nanjing.
En el décimo año de Kangxi (1671), se añadió el gobernador de Yunnan y el príncipe Taibao y Shaobao. Durante su mandato, se retuvieron las raciones, lo que provocó cambios.
En el duodécimo año de Kangxi (1673), Wu Sangui se levantó y quiso rendirse en cualquier momento. Él se negó y fue asesinado. Cuando era soldado en Wu Sangui, lo comían por separado y no le quedaban huesos. Después de que se resolvió la rebelión de San Francisco, el gobierno Qing incluyó a Zhu Guozhi entre los "ministros leales y leales que murieron" y elogió su benevolencia. El "Manuscrito de la historia de Qing" está incluido en la "Biografía de Zhongyi".