En diciembre de 2005, la Federación Mundial de Bádminton volvió a organizar la Copa del Mundo. Lin Dan derrotó a la estrella tailandesa Wunsa Posana, el cuarto jugador en los Juegos Olímpicos de Atenas, por 2:0, y ganó su primer campeonato mundial. Título de campeonato.
El 23 de enero de 2006, después de que Lin Dan derrotara a Lee Chong Wei 2:1 en las semifinales del Campeonato de Inglaterra, Lin Dan no enfrentó mucha amenaza del coreano Lee Hyun-il en la final. , y finalmente ganó fácilmente con dos puntuaciones de 15:7. Gana el campeonato. El 7 de mayo, Lin Dan participó en la Copa Thomas por segunda vez. Lin Dan volvió a derrotar a Gade en la final y a Taufik en las semifinales.
El 25 de septiembre, en el Campeonato Mundial de Bádminton en Madrid, España, Lin Dan ganó su primer campeonato mundial individual masculino. En la final, perdió dos partidos seguidos y derrotó a su compañero Bao Chunlai por 2-1.
El 28 de octubre, en la segunda competición de bádminton de la Copa Mundial celebrada en Yiyang, Hunan, la ciudad natal del bádminton, Lin Dan derrotó a su compañero de equipo Chen Yu en la final individual masculina y ganó su segundo campeonato individual de la Copa Mundial. En diciembre, en la final individual masculina de los Juegos Asiáticos de Doha, Lin Dan volvió a perder ante Taufik y terminó segundo.