Al principio, la escena era en Tokio, con Takagi y Sato persiguiendo a los ladrones. Me perseguiste y finalmente atrapaste al prisionero. En ese momento, el prisionero dijo la palabra bandera pirata. La pantalla giró hacia Shen Dao. Mouri Kogoro originalmente quería ir solo a París porque ganó un premio de 300.000 yenes. Pero al final, tuvo que traer consigo a Ran, Yuan Yuan, Conan, Ayumi, Genta y Umihara Aika. Un grupo de personas llegó a esta isla. Esta isla tiene ruinas antiguas que se han hundido hasta el fondo del mar, así como leyendas de tesoros dejadas por dos piratas, Anne Bonny y Mary Read. Estas leyendas en realidad existieron hace 300 años.
Hace dos meses corrieron rumores de que se había encontrado el tesoro, lo que atrajo a un gran número de turistas y buscadores de tesoros. Como resultado, los maoríes no pudieron reservar una habitación en el hotel y Yan Yong, el profesor de la clase de turismo local, llevó al grupo a la casa de Ma Mei, quien dirige un B&B. Los jóvenes detectives visitan el museo local donde hay dos objetos muy valiosos, un cuchillo y una pistola, que se dice que son las armas de dos piratas. Por sugerencia de Iwanaga, el equipo de chicos detectives emprendió una búsqueda del tesoro.
Al otro lado, Lan y Huayuan fueron a bucear para ver el palacio submarino. Conocieron a tres cazadores de tesoros llamados Tayama, Matsumoto e Izu en la tienda responsable de su viaje submarino. Cuando Lan y el guía turístico local se sumergieron en el fondo del mar, vieron a Tianshan rodeado de tiburones. Aunque Matsumoto e Izu hicieron todo lo posible para protegerlo, Tianshan no se salvó. Conan sintió que algo andaba mal, así que fue a investigar y encontró rastros de bolsas de plástico debajo del traje de buceo de Tianshan. Alguien puso deliberadamente sangre de pescado en una bolsa de plástico. A medida que avanza la inmersión, la presión aumenta, la bolsa de plástico estalla y el olor a sangre atrae a los tiburones. Este incidente trajo a Jiang Mumu, Shiratiao, Sato y Takagi a la isla. A través de las huellas dactilares, se descubrió que Matsumoto es un cazador de tesoros de fama mundial con un largo historial criminal y un criminal buscado internacionalmente. Los rumores sobre tesoros bajo el mar son cada vez más reales.
La búsqueda del tesoro de los jóvenes detectives continúa. Se robaron dos objetos del museo: las pistolas y los cuchillos de dos mujeres piratas. Conan se dirigía a buscar un tesoro cuando vio a dos cazadores de tesoros asesinados a tiros después de robar objetos. Al día siguiente, Lan He quería volver a hacerse a la mar, pero fue secuestrado por dos cazadores de tesoros. Se acerca el tifón y el código de la búsqueda del tesoro del joven detective finalmente se resuelve. Conan descubre que el dueño del hotel también es un cazador de tesoros. Con su ayuda, descubrió que los mapas de búsqueda del tesoro en manos de los jóvenes detectives eran en cierto sentido mapas reales de búsqueda del tesoro. El tesoro debería estar cerca de la isla Lechin, no lejos de la isla Poseidón. Solo por el terremoto, la entrada estaba bloqueada y solo podía viajar a través del fondo del mar. En ese momento, alguien vino a informar que Lanhe Huayuan fue tomado como rehén y, con la ayuda de Conan, fue a la isla Lai Qin para rescatar a Lanhe Huayuan.
El brazo de Garden fue rascado deliberadamente para ayudar a los dos cazadores de tesoros a distraer al tiburón. Yuanzi quedó enredado por un tiburón y Lan hizo todo lo posible para salvar a Yuanzi y finalmente escapó con éxito y entró al palacio submarino. Después de enterarse de la condición de su hija, Maori trató desesperadamente de ayudarla, pero el tifón se volvió cada vez más severo, por lo que solo pudieron esperar. Matsumoto, Izu, Lan y Yuanyuan finalmente encontraron el barco pirata escondido por la pirata, pero no había ningún tesoro. Matsumoto e Izu quieren matarlos. En este momento crítico, llegó Conan. Iwanaga siguió a Conan al palacio submarino y todos los acertijos quedaron resueltos. En ese momento se produjo un terremoto y el palacio submarino estuvo a punto de colapsar. Conan usa metano para provocar una explosión que hace volar el techo del palacio y lleva el barco pirata a la superficie. Después del tifón, Maori y su grupo esperaron en el mar. El barco pirata emergió, pero un minuto después, el barco pirata se desintegró porque era demasiado viejo. Finalmente, fue Lan quien recordó el país en el segundo año.