En el siglo XVI, el elector de Heidelberg apoyó plenamente la Reforma protestante y, por tanto, participó en la "Guerra de los Treinta Años". A principios del siglo XVII toda Heidelberg estuvo envuelta en la guerra y sufrió graves daños. El castillo de Heidelberg también sufrió graves daños. Aunque fue restaurado, ya no era tan grande como antes. Después de la guerra, el elector casó a su hija, la condesa Liselotte, con el duque de Orleans, hermano del rey Luis XIV de Francia. Debido a su personalidad franca y alegre, la condesa Lisé se convirtió en una de las mujeres más populares de la corte francesa. El hijo del elector murió y el elector no tuvo heredero. Luis XIV utilizó la excusa de que su cuñada era la princesa electora y trató de apoderarse del derecho a gobernar para que el territorio del Imperio francés pudiera extenderse hasta el río Rin. sin derramamiento de sangre. Cuando la familia del elector se negó rotundamente, Luis XIV envió tropas por la fuerza para escoltar al duque de Orleans a Heidelberg, lo que desencadenó la "Guerra de Orleans". El Elector dirigió a su ejército a resistir, pero fracasó. El castillo de Heidelberg cayó y la familia del elector se mudó a Mannheim.
Para capturar el castillo, el ejército francés sufrió muchas bajas y odió el castillo. Tras la captura del castillo en 1689, fue bombardeado con pólvora, pero no provocó daños graves. Cuatro años más tarde, el odio hacia el ejército francés continuó y se enviaron grandes cantidades de bases de pólvora, se colocaron dentro del castillo y finalmente se dividieron por la mitad. El castillo estaba agrietado, pero no destruido. La mayor parte todavía estaba en pie, y la otra mitad se derrumbó, pero todavía estaba apoyada en la mitad restante. Hoy, la grieta en sí es un milagro. El castillo sufrió daños mortales y de algunas de las habitaciones superiores sólo quedó un muro exterior. Posteriormente, algunos de los edificios del castillo fueron restaurados y reconstruidos. No fue hasta finales de 1900 que el edificio principal fue restaurado a su aspecto original y listo para su uso. La parte no restaurada todavía está en ruinas.