La Universidad de Bonn tiene muchas instituciones de investigación científica directamente afiliadas a las universidades para complementar las tareas de enseñanza e investigación científica. Ellos son: El Instituto Franz-Durger se estableció en 1966 para estudiar la Grecia y Roma antiguas tardías, especialmente la etapa de transición de la cultura mediterránea antigua. Gran parte del personal del instituto son expertos de países extranjeros. El Antiguo Seminario Teológico Católico fue fundado en 1901 y está financiado conjuntamente por el Seminario Episcopal y la Antigua Iglesia Católica de Bonn. Es hasta ahora la única institución de investigación católica antigua en Alemania y se dedica a cultivar reservas para la enseñanza y la investigación católica antigua. La Clase de Investigación en Lenguas Orientales, que existe desde hace sólo 25 años, tiene un significado especial para la Universidad de Bonn, una universidad que alguna vez estuvo ubicada en el centro de la política alemana. Desde 1979 cuenta con el apoyo financiero del gobierno federal y del estado federado de Renania del Norte-Westfalia y se dedica principalmente a la formación de talentos lingüísticos y culturales en Oriente Próximo, Oriente Medio y Extremo Oriente. Desde 65438 hasta 0983, la universidad también ofrece cursos de traducción en turco, japonés, chino, coreano, hindi y árabe. El Centro de Estudios Culturales Franceses fue creado en 1952 por la Embajada de Francia. La mayoría de sus profesores, investigadores y actividades están financiados por el Ministerio francés de Asuntos Exteriores. El objetivo del centro es promover el entendimiento mutuo entre Alemania y Francia y el intercambio de estudiantes, académicos, escritores y artistas de los dos países. El trabajo actual se centra en fortalecer la enseñanza y la investigación de la lengua y la literatura francesas en la Universidad de Bonn. El Instituto de Planificación y Derecho del Agua es la única institución de investigación científica en Alemania dedicada a la implementación de leyes de equilibrio hídrico y leyes de conservación del agua. Ejerce continuamente influencia en los cuerpos legislativos federales y estatales a través de orientación y asesoramiento para mejorar continuamente las condiciones para la implementación de las leyes de aguas. También es responsable de la promoción e investigación de las leyes de aguas. El Instituto de Investigación de Ahorros y Préstamos Bancarios se dedica principalmente a la investigación sobre ahorros, intereses, préstamos y liquidaciones bancarias.
La Asociación de Investigación Max Planck, que mantiene estrechos vínculos con la Universidad de Bonn, goza de una gran reputación a nivel internacional y se dedica principalmente a la investigación en ciencias naturales. La asociación de investigación cuenta con dos centros de investigación: el Centro de Investigación de Radioastronomía Max-Plank, que se dedica al estudio de fuentes de radio en el sistema solar, la Vía Láctea y el espacio exterior, y cuenta con el radiotelescopio más grande y avanzado del mundo. ; el Centro de Investigación Matemática Max Planck Fundado en 1982, su tema principal es el estudio de las matemáticas puras.
Varias unidades de investigación asociadas a la Facultad de Medicina son la Escuela Nacional de Experimentación Médica y Auxiliares de Radiología (dedicadas a la investigación en microbiología e inmunología), la Escuela de Atención al Paciente, la Escuela de Atención Infantil y la Escuela de Atención al Paciente.
En Alemania, "ciudad universitaria" es sinónimo de Bonn. A medida que la capital alemana se traslade al norte, hacia Berlín, Bonn se convertirá aún más en una ciudad cultural y versátil, lo que sin duda brindará oportunidades para la investigación académica en la Universidad de Bonn.