A principios de la década de 1990, el gobierno chino impulsó la política de "co-construcción, ajuste, cooperación y fusión" de la educación superior y ajustó el sistema de gestión y el diseño estructural de la educación superior. En estas circunstancias, el presidente de la Universidad Agrícola de Zhejiang, el académico Zhu Zuxiang, y el vicepresidente de la Universidad de Zhejiang, el profesor Wang Qidong, propusieron en la reunión del Congreso Nacional Popular de 1996 reorganizar las cuatro universidades previamente separadas y formar una nueva Universidad de Zhejiang, que Fue apoyado por la dirección central de educación con el apoyo del Ministerio de Educación y el gobierno provincial de Zhejiang. Pero la fusión de las cuatro grandes empresas implica muchos ajustes de intereses.
El 15 de septiembre se estableció oficialmente la nueva Universidad de Zhejiang. En sólo medio año, se ajustaron e integraron las estructuras administrativas de las cuatro escuelas originales. Al cabo de un año, se completó el ajuste de la materia. Durante este período se fusionaron bastantes universidades y hubo muchas controversias sociales. Sin embargo, la fusión de cuatro universidades de Zhejiang es considerada en general un éxito por todos los sectores de la sociedad.
Dos años después de la fusión de la Nueva Universidad de Zhejiang, la escuela ha logrado grandes avances. El Ministerio de Educación publicó una vez un documento titulado "La Nueva Universidad de Zhejiang ha logrado nuevos avances en varias empresas dos años después de su creación".