Watson nació en Chicago el 6 de abril de 1928 y pasó su infancia en Chicago, Estados Unidos. En aquella época, a su padre le gustaba mucho la observación de aves. A la edad de siete años, Watson recibió de su padre su primer libro sobre aves, que introdujo conocimientos sobre la migración de las aves. Después de leer el libro, Watson tuvo algunas preguntas. Por ejemplo, ¿cómo vuelan los pájaros largas distancias desde el hemisferio norte al hemisferio sur? ¿Se puede encontrar al pajarito? Watson estaba fascinado por estas preguntas. Sin embargo, era casi imposible obtener respuestas a estas preguntas en ese momento porque se consideraba un milagro. A medida que crecía, Watson iba a observar aves con su padre todos los domingos. Más tarde, Watson conoció la teoría de la evolución de Darwin y se interesó por la pregunta "¿Cuál es el origen de la vida?" y siempre quiso saber por qué puede existir la "vida".
Posteriormente, Watson asistió a la escuela secundaria pública durante dos años. En noveno grado, tomó un curso de "Ciencias Generales". Grado 10, estudiando biología. A través de estos cursos, Watson aprendió sobre los genes y las leyes de la herencia. También aprendió que los genes ubicados en los cromosomas pueden enviar instrucciones para determinar el color de los ojos y el cabello, pero no está claro cómo lo hacen exactamente.
Cuando tenía 15 años, Watson fue a estudiar a la Universidad de Chicago. En la universidad, Watson tomó un curso de biología general. Inicialmente estudió genética, pero le resultó aburrido. Todavía le resulta interesante estudiar las aves y su comportamiento. En su tercer año de universidad, Watson tomó algunos cursos un poco más profundos, todos relacionados con la ecología. Watson está interesado en los patrones de comportamiento biológico y la ecología. En el proceso de estudiar ecología, después de leer el libro "Qué es la vida" del físico austriaco Schrödinger, escuchó con interés las conferencias del famoso genetista Wright. Wright era un destacado genetista que enseñaba en la Universidad de Chicago. Está profundamente interesado en cómo funcionan los genes. Su atención también pasó de las aves a los genes. A la edad de 22 años, Watson obtuvo un doctorado en zoología.
Durante la época universitaria de Watson, la biología no se consideraba una ciencia de alto nivel. La verdadera ciencia de vanguardia era la física, por lo que talentos muy destacados se dedicaban a la investigación en física. Pero Watson estaba muy interesado en la investigación biológica. Después de graduarse de la Universidad de Chicago, quería continuar con sus estudios e investigaciones en el Instituto de Tecnología de California. En el otoño de 1946, Watson presentó su solicitud, pero no fue admitido en Caltech. La razón fue que pensaban que Watson era solo un estudiante con una formación simple en biología y no había estudiado la mayoría de las clases de química física. Sin embargo, Watson no se rindió. Luego postuló para la Universidad de Indiana y esta vez fue aceptado. La Universidad de Indiana ocupa el segundo lugar en investigación genética y es una universidad excelente. Al igual que Caltech, está a la vanguardia de la investigación genética.