Las islas Xisha están ubicadas en medio de los trópicos, con un clima monzónico tropical, cálido y húmedo, pero sin calor extremo. Tomando como ejemplo la isla Yongxing, la temperatura extremadamente alta es de 34,9°C. la temperatura extremadamente baja es de 15,5°C y la temperatura media anual es de 26-28°C. La precipitación anual es de más de 1800 mm.
Aunque es como verano todo el año en las Islas Paracelso, la temperatura máxima extrema no es alta. Según las estadísticas de datos meteorológicos de los últimos 30 años, el número de días con una temperatura máxima diaria ≥35 ℃ es de sólo 4 días por año en promedio. La temperatura extrema más alta jamás vista en la historia fue de sólo 37°C, que fue más baja que la de la mayoría de las áreas del país, excepto la meseta Qinghai-Tíbet y la meseta Yunnan-Guizhou. Si se utiliza la temperatura máxima extrema ≥38 ℃ como estándar para el calor severo, entonces no hay calor extremo en Xisha, lo cual supera las expectativas de la gente.
Aunque la humedad relativa promedio en la isla es superior al 80% todos los meses durante todo el año, lo que la hace sentir húmeda, los cambios de temperatura son relativamente estables. La temperatura promedio mensual está entre 24°C y 29°C. A diferencia de las zonas del interior, en la región hay una gran diferencia entre el invierno y el verano, por lo que no hay calor extremo. La época más calurosa en las Islas Paracelso es de junio a agosto de cada año, cuando la temperatura media mensual ronda los 29°C. De diciembre a febrero de cada año, la temperatura en las Islas Paracelso es relativamente baja, con una temperatura mínima mensual promedio de 22°C.
Las islas Xisha son el área más vulnerable a los tifones. Hay de 7 a 8 tifones que afectan a las islas Xisha cada año, y la lluvia de tifones representa aproximadamente el 65% de la lluvia. La velocidad media anual del viento es de 5,3 metros/segundo. La humedad relativa promedio anual es del 82%, alcanzando el 84% de junio a septiembre, cuando la humedad es alta, la temperatura es alta y el calor es insoportable. Hay menos niebla en la superficie del mar. Las corrientes oceánicas se ven afectadas por los monzones y fluyen hacia el noreste en verano y hacia el suroeste en invierno. En el este, hay "corrientes de lavado" de viento del norte al sur. La temperatura media anual del agua de mar en la superficie es de 26,8°C, con una máxima de 29°C en junio y una mínima de 24°C en enero.