1546 el médico italiano Antonio MusaBrasavola realizó la primera traqueotomía exitosa en un paciente con "absceso traqueal" (Frost, 1976). Según Goodall (1934), en 1825 se registraron en la literatura médica unos 30 casos de traqueotomía. Las indicaciones incluyen la extracción de monedas de oro y coágulos de sangre del tracto respiratorio superior y los intentos fallidos de establecer una segunda vía respiratoria secreta para escapar del ahorcamiento.
Trouseau (1833) informó que alrededor de 200 pacientes con difteria morían con frecuencia.
La traqueotomía salva 1/4 de las vidas. Aunque las técnicas quirúrgicas continuaron mejorando, la traqueotomía no fue ampliamente aceptada hasta la década de 1920, cuando Chevalier Jackson definió claramente las indicaciones de la traqueotomía y estandarizó el procedimiento quirúrgico (Jackson, 1937). Jackson (1923) condenó enérgicamente otros métodos de control de las vías respiratorias, especialmente la cricotirotomía, que consideraba asociada con una incidencia inaceptablemente alta de estenosis laríngea y subglótica.
La traqueotomía ha tenido distintos nombres en distintas épocas. Hasta el siglo XVIII, la laringectomía y la broncostomía se consideraban la misma cosa, al igual que hoy en día la traqueotomía y la traqueotomía. De hecho, traqueostomía significa "abrir la tráquea" (Jackson, 1923), que proviene de las palabras griegas "trache arteria" y "tome"; traqueotomía tiene un sufijo de la palabra griega stoma (boca o boca). A menos que el propósito de la cirugía sea crear una abertura permanente, el término correcto sería traqueotomía.