Los tramos superiores son desde el nacimiento del río hasta la Puerta de Hungría en los Cárpatos occidentales; los tramos medios son desde la Puerta de Hungría hasta la Puerta de Hierro de Rumania y los tramos inferiores son desde la Puerta de Hierro; hasta la desembocadura del río. Los ríos Bregg y Brigach, que nacen en la vertiente oriental de la Selva Negra, confluyen en Donauschingen y fluyen hacia el noreste a lo largo de las montañas de Suabia, el flanco sur de las montañas Frank Jura y el borde norte de la meseta bávara. Después de pasar por Ratisbona, gira hacia el sureste, entra en Austria, atraviesa las colinas del Bosque de Bohemia, pasa por Viena y entra en Hungría. El tramo superior tiene unos 966 kilómetros de largo y pasa por zonas montañosas. El cauce del río tiene una gran pendiente, y el nivel del agua cambia evidentemente estacionalmente, siendo alto en verano y bajo en invierno. Los afluentes incluyen el río Iler, el río Buller, el río Isar, el río Sound, el río Troon y el río Enns. El tramo medio tiene unos 900 kilómetros de largo. El lecho del río se vuelve más ancho, la pendiente es suave, la velocidad del flujo es lenta, se desarrolla sedimentación y hay muchas ramas del flujo de agua. Desde Ko Malnoe fluye hacia el este a través de Váci y gira hacia el sur hacia las llanuras húngaras. El valle es amplio, el terreno bajo y el lecho del río poco profundo. Desemboca en Yugoslavia y está conectado con tres afluentes del río Delaware, el río Tisza y el río Sava, lo que aumenta considerablemente el volumen de agua y el contenido de sedimentos de la corriente principal en una vez y media. Los niveles de agua son más altos en primavera cuando la nieve se derrite. A finales del verano y principios del otoño, la evaporación es intensa y el nivel del agua desciende significativamente. El nivel del agua es muy bajo en invierno. En Belgrado, el cañón de 60 kilómetros de largo fluye hacia el este hasta la Puerta de Hierro. Tiene sólo 100 metros de ancho en su punto más estrecho. El flujo de agua es rápido y los recursos hídricos son abundantes. La margen izquierda del tramo inferior es la llanura de Valaquia de Rumania, y la llanura del Danubio de Bulgaria está en la margen derecha. El valle es ancho y poco profundo y hay islas de arena en el río. El nivel del agua aumenta en junio durante las inundaciones de primavera, y el nivel de agua más bajo se registra entre septiembre y junio, 65.438 en octubre. Cuando el clima se vuelve un poco más frío en invierno, el río se congela. Fluye hacia el este hasta Chernovo y gira hacia el norte, luego gira hacia Galak y fluye hacia el este, donde ingresa el río Prut. Entrando al delta cerca de Talca, a 80 kilómetros del Mar Negro. La corriente principal se divide en tres tramos: el brazo norte del río Kiliya, que representa el 67% del volumen de agua; el afluente medio, el río Surina, representa el 9% del volumen de agua; Río St. George, que representa el 24% del volumen de agua. Después del dragado, el río Sulina tiene 7 metros de profundidad y 63 kilómetros de largo, lo que lo convierte en una carretera principal navegable. El río Danubio arrastra una gran cantidad de sedimentos, que se depositan en su desembocadura, formando un delta con una superficie de 4.300 kilómetros cuadrados, que cada año continúa extendiéndose hasta el mar. Rumania es rica en juncos y su producción representa 1/3 de la producción total mundial, proporcionando abundantes materias primas para la industria del papel y la industria de fibras textiles.
El Danubio es un importante río internacional. Una vez finalizado el canal Rin-Meno-Danubio, conectará los ríos Danubio y Rin y formará una densa red de transporte acuático en Europa Central. Los principales puertos fluviales incluyen Ratisbona en Alemania, Linz y Viena en Austria, Bratislava en Eslovaquia, Budapest en Hungría, Novi Sad y Belgrado en Yugoslavia, Ruse en Bulgaria y Bratislava en Rumania y Galati, Izmir, Ucrania. Hay muchas centrales hidroeléctricas en la corriente principal, la más famosa de las cuales es la central hidroeléctrica de Tiemen.