Pero también tiene grandes limitaciones, por ejemplo, sólo puede calcular las líneas espectrales de átomos de hidrógeno y átomos similares al hidrógeno, pero no puede hacer nada con otros átomos ligeramente complejos, además, no implica; la intensidad de las líneas espectrales en absoluto. Teóricamente hablando, el problema fundamental de esta teoría es que se basa en la teoría clásica, pero agrega algunos supuestos importantes que son incompatibles con la teoría clásica, como la no radiación estacionaria y las condiciones de cuantificación, por lo que está lejos de ser una teoría perfecta. .
Sin embargo, la teoría de Bohr (y Sommerfeld) explicó teóricamente los experimentos espectrales por primera vez, señaló por primera vez que la teoría clásica no se puede aplicar completamente al proceso de movimiento interno de los átomos y reveló las características únicas de sistemas microscópicos.
Por lo tanto, es un hito importante en la historia del desarrollo de la física atómica y jugó un papel enorme en la promoción del establecimiento de la futura teoría de la mecánica cuántica.
Además, algunos conceptos básicos de la teoría de Bohr, como "estado estacionario", "nivel de energía" y "la transición del nivel de energía determina la frecuencia de la radiación", siguen siendo conceptos básicos muy importantes en la mecánica cuántica. Aunque se ha demostrado que otros conceptos como las órbitas no se aplican a partículas microscópicas.