Entendido de esta manera, la dirección 5'→3' de la cadena de codificación en sí se define como la dirección positiva, es decir, la dirección 3'>5' de la cadena plantilla es la dirección positiva, y la dirección 5'→3' de la cadena de plantilla también es la dirección negativa.
La hebra aguas arriba está unida al extremo 3' de la hebra plantilla, que está aguas arriba de la dirección de avance, y su dirección de extensión es la misma que la dirección de avance, mientras que la hebra descendente está unida a la; Extremo 5' de la hebra codificante, que está aguas abajo de la dirección de avance, su dirección de extensión es opuesta a la dirección positiva.
El cebador aguas arriba es el cebador que se combina con la secuencia aguas arriba del fragmento del gen que se va a amplificar (el cebador es un oligonucleótido monocatenario y la amplificación del gen debe comenzar desde el cebador). El cebador aguas abajo se refiere al gen objetivo que enlaza la secuencia aguas abajo.
Información ampliada:
1. La longitud de los cebadores generalmente es de 15 a 30 pb, y comúnmente se usa de 18 a 27 pb, pero no debe ser mayor a 35 pb, porque demasiado tiempo hará que su temperatura de extensión sea superior a 74 ℃ no es adecuado para la reacción de la ADN polimerasa Taq;
2. La secuencia del cebador no debe tener fragmentos de alta similitud en la plantilla, especialmente la secuencia con alta. similitud en el extremo 3', de lo contrario es fácil causar discrepancias. La presencia de más de 3 bases consecutivas en el extremo 3' del cebador, como GGG o CCC, también aumentará la probabilidad de activación falsa
3. los pares de cebadores tienen un mayor impacto en la eficiencia de la síntesis de ADN de la enzima Taq. Diferentes últimas bases en la posición incorrecta conducen a diferentes eficiencias de amplificación. La eficiencia de falta de coincidencia de la última base A es significativamente mayor que la de las otras tres bases, por lo que se debe evitar el uso de la base A en el extremo 3' del cebador; p>
Enciclopedia Baidu: cebadores de PCR total