Las cinco variedades principales de pimiento tienen su origen en tres centros diferentes. Como se mencionó anteriormente, México es el centro de origen primario de C. annuum, y el centro de origen secundario es Guatemala, la Cuenca Amazónica es el principal centro de origen de Schisandra chinensis y Schisandra chinensis son los principales centros de origen de Pendulum Bamboo y; Bambú Moso (Pimienta China, 2002).
Mcleod (1980) estudió pimientos cultivados y pimientos silvestres mediante electroforesis en gel de almidón, y los resultados mostraron que la evolución de los pimientos es diversificada. Este resultado es consistente con el origen de los cinco cultivares mencionados anteriormente.
Según el método de Pickersgill et al (1981), se estudiaron 39 rasgos y sus variaciones de especies cultivadas y silvestres de Baihuaqun. Los resultados de los tres métodos de investigación (método de promedio de grupo, método de agrupamiento de distancia más cercana y método de análisis de componentes principales) son consistentes, lo que indica que san pepper está compuesto con san pepper, san pepper y caotiano, las especies silvestres de san pepper, san pepper; y la pimienta caotiana forman una metapoblación fácilmente diferenciada que se puede distinguir no sólo de las especies cultivadas sino también de la pimienta Sansho, aunque existe un cierto grado de relación evolutiva paralela entre ellas. Esto indica que estas cuatro especies evolucionaron en lugares diferentes y se diferenciaron aún más (China Pepper, 2002).