Cómo analizar árboles evolutivos
(1) Dirección horizontal: el grado de cambio de las variables genéticas
Las ramas en dirección horizontal representan cambios en los linajes evolutivos con el tiempo, cuanto mayor sea la longitud de la rama, mayor será el cambio en las especies correspondientes a esa rama.
(2) Escala: la línea corta en la parte inferior
El número 0,07 en la parte inferior de la escala significa que la rama de esta longitud representa una variación genética de 0,07 en el genoma . Entre ellos, la variabilidad genética suele representar la frecuencia de sustitución de bases en cada sitio del genoma, y la fórmula de cálculo es: variabilidad = número de bases variantes/número total de bases (). Generalmente se muestra como un porcentaje, que puede interpretarse como la variación por 100 bases.
(3) Dirección vertical: sin significado especial
(4) Nodo: círculo coloreado
Los nodos en el árbol evolutivo incluyen nodos externos y nodos internos. . Los nodos externos también se denominan nodos de hoja (círculos verdes en la imagen de arriba), que representan los datos genómicos involucrados en el análisis (en el ejemplo, la secuencia del genoma del virus. Generalmente, un genoma representa una especie). Los nodos internos están representados por círculos azules como ancestros putativos.
La raíz del árbol evolutivo (círculo rojo) nos indica la posición del ancestro último. En base a este punto, se puede ordenar el tiempo evolutivo aproximado de diferentes especies según la longitud de las diferentes ramas en el árbol. dirección horizontal. Por ejemplo: en la imagen de arriba, podemos decir que la especie A evolucionó antes que las especies B y C. También podemos pensar que el tiempo evolutivo aumenta de izquierda a derecha en dirección horizontal.
(5) Rama
Debido a que la longitud de la rama representa la similitud de la secuencia genética, solo puede representar el tiempo evolutivo aproximado. Por lo tanto, esta distancia evolutiva debe convertirse en función de la similitud de la secuencia genética y la hipótesis del tiempo evolutivo, es decir, el reloj molecular.
(6)Valor de arranque
El número gris a la izquierda de cada nodo en la figura representa el valor de arranque del nodo. El valor oscila entre 0 y 1 y también se puede representar en forma de porcentaje. Cuanto mayor sea el valor, mayor será la confianza del nodo.