El 19 de mayo de 1798, 38.000 tropas francesas zarparon en 309 barcos de transporte, escoltados por un escuadrón de 55 buques de guerra, y partieron de Toulon hacia Egipto. Después de que se envió la fuerza expedicionaria, Francia también tomó una acción confusa: pretender que los marines desembarcarían en Irlanda.
El 12 de junio, los franceses ocuparon la isla de Malta y la Fortaleza de La Valeta en la isla.
El 1 de julio desembarcaron en la bahía de Malabu y capturaron Alejandría.
13 de julio cerca de Serbreis.
En la batalla bajo la pirámide del 21 de julio, el ejército francés derrotó a la caballería mameluca de Murad Bey en Egipto.
El 24 de julio, Bonaparte dirigió algunas tropas hacia El Cairo. El general Kleber ocupó el delta del Nilo y el general Jeze persiguió a la caballería mameluca de Murad Bey, los derrotó cerca de Shetimana y capturó el Alto Egipto.
Los días 1 y 2 de agosto, el escuadrón del contralmirante británico Nelson aniquiló al escuadrón comandado por el vicealmirante francés Brues cerca de Aboukir, poniendo fin a la expedición de 30.000 soldados de Bonaparte y cortando el contacto con Europa.
En septiembre de 1798, Türkiye declaró la guerra a Francia. Para impedir el ataque del ejército turco, Bonaparte dirigió 13.000 hombres a Siria en febrero de 1799 según el plan estratégico establecido.
El 18 de marzo, el ejército francés se acercó a la Fortaleza de Acre. El ejército francés no logró derrotar el asedio de la fortaleza durante dos meses y se vio obligado a retirarse el 21 de mayo y regresar a Egipto el 14 de junio.
El ejército francés derrotó a los marines británico-turcos en Aboukir el 25 de julio, pero se encontraba en una mala situación en Egipto.
El 24 de agosto, Bonaparte abandonó secretamente Egipto y regresó a Francia en el crucero de tres mástiles "Muirang". El general Kleber, que se quedó para reemplazarlo, firmó un acuerdo de armisticio con Gran Bretaña y Turquía en Airy-Arish el 24 de enero de 1800. Gran Bretaña y Turquía permitieron que el ejército francés se retirara de Egipto con dignidad.