En la temporada 1998-1999, Iverson ganó el título de anotador con un promedio de 26,8 puntos por partido. Llevó al equipo a los playoffs nuevamente después de 8 años y fue seleccionado para el primer equipo All-NBA.
En la temporada 1999-2000, Iverson fue seleccionado para el segundo equipo del año después de promediar 28,4 puntos, 3,8 rebotes, 4,7 asistencias, 2,1 robos y 0,1 tapones por partido. Los 76ers volvieron a entrar en los playoffs.
En la temporada 2000-2001, el entrenador Brown decidió dejar que Iverson, que sólo medía seis pies de altura, jugara como escolta. Como resultado, los 76ers comenzaron la temporada con diez victorias consecutivas y entraron a los playoffs como primeros clasificados de la Conferencia Este al final de la temporada. Iverson brilló esta temporada, promediando 365, 438 + 0,65, 438 + 0 puntos por partido, 3,8 canastas, 4,6 asistencias, 2,5 robos y 0,3 tapones para ganar el MVP de la liga. También ganó los títulos de anotación y robo y fue seleccionado nuevamente. -primer equipo de conferencia. El 7 de febrero de 2001, en el Juego de Estrellas 2000-2001, Iverson llevó a los All-Stars del Este a derrotar a los All-Stars del Oeste. Iverson también fue elegido MVP del Juego de Estrellas. Aportó 25 puntos, 5 asistencias y 5 robos.
En la temporada 2001-2002, Iverson volvió a ganar el título de goleador y fue seleccionado para el segundo mejor equipo, pero los 76ers se detuvieron en la primera ronda de los playoffs. Al mismo tiempo, la ausencia de Iverson del entrenamiento del equipo volvió a despertar un fuerte descontento con Larry Brown, y la relación entre los dos se deterioró nuevamente, lo que llevó a que Larry Brown fuera transferido al entrenador en jefe de los Detroit Pistons después de la temporada 2003.
En la temporada 2002-2003, los 76ers superaron la primera ronda de los playoffs. Iverson anotó 55 puntos en el primer juego de esta serie, estableciendo un nuevo récord en los playoffs. Los 76ers se enfrentaron a los Detroit Pistons en la segunda ronda y finalmente perdieron ante los Pistons. Iverson fue incluido en el segundo equipo All-NBA.
En la temporada 2004-2005, las estadísticas de Iverson fueron excelentes, promediando 30,7 puntos, 4,0 canastas, 7,9 asistencias, 2,4 robos y 0,1 tapones por partido. Además de ganar el título de anotador por cuarta vez y ser seleccionado para el equipo All-NBA por tercera vez, Iverson se convirtió en el primer jugador en la historia de la NBA en ubicarse entre los cinco primeros en puntos, asistencias y robos. el MVP del Juego de Estrellas por segunda vez.
En la temporada 2005-2006, Iverson promedió un récord de 33 puntos por partido, pero los 76ers no lograron entrar en los playoffs. Iverson fue incluido en el tercer equipo All-NBA.