La diferencia entre en el árbol y en el árbol
1) En el árbol generalmente se refiere a objetos externos que están en el árbol y no pertenecen al árbol en sí, como personas y animales. Por ejemplo, hay un pájaro en el árbol.
Vio un gato en el árbol. Vio un gato en el árbol.
Jack está en el árbol. No pudo bajarse. Jack está arriba del árbol y no puede bajar.
2) En un árbol suele referirse a cosas que crecen en el propio árbol, como ramas, hojas, flores, frutos, etc.
Hay muchas manzanas en el árbol. Hay muchas manzanas en el árbol.
Estaba recogiendo naranjas del árbol. Estaba recogiendo naranjas del árbol.