¿Los peces viven en el agua o los peces viven en el agua?

La forma plural de pez es pez o pescado.

Las formas singular y plural de pez se refieren al mismo pez, y el predicado depende de la situación cuando se refiere a diferentes clases de peces, es plural. Eso sí, esta vez el predicado es plural. Se refiere a peces, predicado singular incontable se refiere a peces, usado en singular.

Tu oración significa que los peces viven en el agua, por lo que el número singular, que es la primera oración, es correcto.