Creo que aquí uno se refiere a diferencias, y el otro se refiere a las diferencias de enfoques = diferencias de medios y métodos.
Suplemento:
Uno de los métodos, si se escribe así, entonces Uno de es uno de ellos, y el Uno en él significa método.
Ahora es un enfoque, uno no quiere decir uno. Lo he dicho antes, uno significa diferente.
La frase original es que la principal diferencia entre los innovadores y otros radica en sus métodos.
Debido a que la diferencia se repite, en su lugar se utiliza el pronombre uno.