John Paulson nació el 14 de diciembre de 1955, en una comunidad de clase media llamada Beechhurst en Queens, Nueva York, Estados Unidos. Paulson tiene dos hermanas y un hermano. Aunque su padre trabajó como contador y se convirtió en director financiero de una pequeña empresa de relaciones públicas, su familia no es rica. La educación empresarial de Paulson provino de su abuelo, quien le enseñó a comprar grandes paquetes de dulces en el supermercado y luego venderlos a sus compañeros de clase. En ese momento, Paulson tenía solo 6 años.
En 1978, Paulson se graduó de la Escuela de Negocios y Administración Pública de la Universidad de Nueva York con el primer grado de su clase y luego fue admitido en la Escuela de Negocios de Harvard mientras estudiaba aquí, Paulson debido a una oportunidad accidental. Al escuchar el discurso de Jerry Kohlberg, el pionero del comercio de apalancamiento, esto desencadenó su atención e investigación a largo plazo sobre el comercio de apalancamiento, y comenzó a soñar con ingresar a Wall Street. Con este sueño en mente, Paulson recibió un MBA de la Escuela de Negocios de Harvard y recibió el título de Baker Scholar, el honor académico más alto de Harvard otorgado sólo al 5% de los mejores graduados.