En 2004, Lee Chong Wei ganó por primera vez el campeonato individual masculino del Abierto de Malasia. En 2005, Lee Chong Wei reemplazó gradualmente a Huang Zhonghan En como el jugador individual masculino número uno en Malasia. En junio de 2006, Lee Chong Wei ocupó el primer lugar en el mundo del bádminton por primera vez.
El 16 de marzo de 2018, se celebró la 40ª "Batalla Lin-Li" en los cuartos de final del All England Badminton Open. Al final, Lee Chong Wei perdió ante Dan Lin 0-2. En abril del mismo año, ganó el campeonato individual masculino de bádminton de los Juegos de la Commonwealth.
El 3 de junio de 2019, Lee Chong Wei anunció su retiro, poniendo fin oficialmente a su carrera de 19 años. El 15 de junio del mismo año, el Comité Olímpico de Malasia nombró oficialmente a Lee Chong Wei como jefe de la delegación de Malasia para los Juegos Olímpicos de Tokio 2020.