Después de que Japón anunciara su rendición incondicional el 15 de agosto de 1945, el gobierno de Estados Unidos se preparó para nombrar a su propio comandante supremo para ocupar Japón en nombre de los aliados sin ninguna consulta con los aliados. Después de que la Unión Soviética se enteró de esta noticia, solicitó activamente participar en la ocupación y el control de Japón, y sugirió al embajador de Estados Unidos que, al ocupar Japón, los comandantes superiores podrían incluir a los generales soviéticos y estadounidenses Alexander Vasilevsky y MacArthur, pero Estados Unidos. rechazo lateral. Estados Unidos insistió en que MacArthur fuera el único Comandante Supremo de las Fuerzas Aliadas en Japón.
El 3 de agosto de 1945, Estados Unidos notificó a sus aliados la orden "Comandante en Jefe No. 1" emitida al gobierno japonés. Estipula que "Japón, Filipinas y Corea del Norte se rendirán al sur de los 38 grados de latitud norte por MacArthur, Comandante Supremo de las Fuerzas del Pacífico de Estados Unidos". Stalin básicamente estuvo de acuerdo con las demandas estadounidenses.
El 28 de agosto de 1945, el primer grupo de marines estadounidenses desembarcó en Yokosuka, y luego 150.000 tropas estadounidenses ocuparon todo el territorio de Japón y comenzaron a ocupar Japón en nombre de la Fuerza de Ocupación Aliada. Del 30 de agosto al 6 de septiembre, un total de 460.000 soldados estadounidenses liderados por MacArthur entraron uno tras otro en Japón y tomaron el control de las principales ciudades y puntos estratégicos. Dado que la Unión Soviética se negó a enviar tropas bajo el mando de MacArthur, el gobierno del Kuomintang de China estaba demasiado ocupado librando una guerra civil para enviar tropas de ocupación. Sólo Nueva Zelanda y Australia enviaron pequeñas tropas para unirse a la fuerza ocupante. El 7 de septiembre se estableció el "Cuartel General del Comandante Supremo Aliado" con Estados Unidos como cuerpo principal. Además del Cuartel General del Estado Mayor, se han establecido nueve oficinas que incluyen asuntos civiles, inteligencia civil, ciencias económicas y recursos naturales para controlar plenamente los asuntos internos de Japón. Aunque el Consejo del Lejano Oriente compuesto por 11 países se estableció como un órgano de toma de decisiones por encima del Comandante Supremo de las Fuerzas Aliadas, y el Comité de Control Aliado de Japón compuesto por cuatro representantes se creó como un órgano asesor, en realidad todo está controlado por el Comandante en Jefe Supremo de las Potencias Aliadas decidió el Ministerio y MacArthur. La llamada ocupación conjunta de Japón por los aliados es sólo una formalidad, de hecho, está ocupada y controlada únicamente por Estados Unidos.
El 22 de septiembre de 1945, Estados Unidos dejó claro en su política hacia Japón en los primeros días de su ocupación que el objetivo final de la ocupación estadounidense de Japón era (1) asegurar que Japón ya no representa una amenaza para la seguridad y la paz mundiales. (2) Finalmente, se debe establecer un gobierno pacífico y responsable que respete los derechos de otros países y apoye los objetivos de los Estados Unidos tal como están plasmados en los ideales y principios de la Carta de las Naciones Unidas. Esto muestra que salvaguardar los intereses estadounidenses se ha convertido en el estándar más alto de la política estadounidense hacia Japón.