Según la investigación, la cola del avión sufrió daños hace siete años, pero al personal de mantenimiento de Boeing se le pasó por alto una hilera de remaches, lo que acumuló fatiga del metal en la parte dañada, provocando que la cola del avión colapsara durante el vuelo. y se cae, provocando accidentes. Debido a que la escena del accidente estaba en una zona montañosa lluviosa, el equipo japonés de búsqueda y rescate estaba sumido en el caos y se retrasaba una y otra vez. El cercano ejército estadounidense estacionado en Japón solicitó ir, pero las Fuerzas de Autodefensa se negaron. Según los supervivientes, muchas personas sobrevivieron al accidente pero no pudieron esperar a que las rescataran. Posteriormente, los esfuerzos de búsqueda y rescate de Japón fueron ampliamente criticados.
Desde entonces, el presidente de JAL dimitió y el director de mantenimiento de la empresa incluso se suicidó.