UC San Diego es un importante centro de investigación con gastos de investigación que superan los 600 millones de dólares. Según la Fundación Nacional de Ciencias, los gastos de investigación de UC San Diego son los más altos del sistema de la Universidad de California y el sexto en los Estados Unidos. Los departamentos y graduados de UC San Diego han fundado aproximadamente 200 empresas locales. Más de 40 empleados de la industria local de bioingeniería trabajan en empresas fundadas por UC San Diego.
Veinte miembros de UC San Diego han ganado premios Nobel y nueve de ellos todavía trabajan en la escuela. UC San Diego ocupa el sexto lugar en número de miembros de la Academia Nacional de Ciencias.
Ranking de la escuela
U.S. News and World Report 2011 Ranking de universidades públicas de EE. UU.: séptimo.