El 8 de febrero de 1963, un Boeing 707 llamado Clipper Tradewind se incendió y se estrelló mientras volaba hacia Filadelfia. Una investigación reveló que el incendio comenzó después de que un rayo impactara materia volátil en el tanque de combustible. Después de este incidente, la FAA ordenó que todos los aviones comerciales instalaran dispositivos de descarga eléctrica.
El 22 de abril de 1974, el vuelo 812 de Pan Am, un Boeing 707, despegó del aeropuerto Kai Tak de Hong Kong con destino a Indonesia. Chocó contra una montaña antes de aterrizar, matando a 107 personas a bordo.
Otro Boeing 747, el Clipper Victor, voló desde Los Ángeles, California a Las Palmas el 27 de marzo de 1977, pero fue desviado a Tenerife debido a una amenaza de bomba a Las Palmas. Un Boeing 747 chocó con un Boeing 747 de KLM en la pista, matando a 583 personas. El accidente aéreo de Tenerife fue el accidente más grave provocado por una aeronave antes del 11-S, y también fue el que con mayor número de muertes de pasajeros hasta la fecha.
Pan Am Airways también ha estado involucrada en varios ataques terroristas. El 17 de diciembre de 1973, el vuelo 110 de Pan Am fue atacado por un grupo de terroristas palestinos de Fatah mientras esperaban que los pasajeros abordaran en Roma, matando a 30 personas. En agosto de 1982, el vuelo 830 de Pan Am explotó sobre el Océano Pacífico, matando a un pasajero, y aterrizó sano y salvo en Honolulu. El 5 de septiembre de 1986, el vuelo 73 de Pan Am, un Boeing 747, fue secuestrado por cuatro secuestradores mientras hacía escala en Karachi, Pakistán, y 20 personas murieron.
Vuelo 103 de Pan Am
El último accidente fatal relacionado con terrorismo de Pan Am ocurrió el 21 de febrero de 1988 65438. El vuelo 103 de Pan Am fue el tercer vuelo del día desde el aeropuerto Heathrow de Londres al aeropuerto internacional JFK de Nueva York. El avión era operado por un avión Boeing 747 con número de matrícula N739PA y recibió el nombre de Clipper "Hija del Mar". Mientras el vuelo sobrevolaba Lockerbie, en Dumfries y Galloway, una bomba de plástico de 340-450 g explotó en la bodega de carga delantera, lo que provocó que el avión se partiera en dos y se estrellara. Las 270 personas a bordo murieron y 11 personas en tierra murieron. De las víctimas, 189 eran estadounidenses. Antes del incidente del 11 de septiembre, este incidente había sido el ataque terrorista más mortífero.