En la ciudad acuática de Altomare, hay dos Pokémon legendarios: Latios y Latias custodiando la ciudad. Según la leyenda: un malvado entrenador Pokémon intentó coaccionar a los residentes aquí, y el Latios original vino aquí, usó su poder para derrotar a la persona y convirtió las calles de la ciudad en ríos. Pero Latios falleció, dejando dos huérfanos, y su alma se convirtió en una gota de agua de corazón.
Zhi y su equipo llegaron a Aldomare para participar en el Concurso Anual Pokémon Agua. Justo cuando estaban seguros de ganar, Little Crocodile y Xiaozhi de repente tomaron el canal equivocado y Xiaoxia, que originalmente estaba rezagada, ganó. Posteriormente, Rossi invitó al grupo a subir al barco de Odomare. En el barco escucharon a Rossi contar la leyenda de Latios y Latias dijo que mucha gente creía que todavía custodiaban a Aldomare.
En ese momento, las hermanas ladrones fantasmas Sanna y Lianne comenzaron a intentar capturar a Latios y Latias. Ash rescató a Latios y llegó al museo, donde conocieron al Sr. Ben Gray, el guía turístico del museo. Bajo la presentación de Ben Gray, los tres aprendieron sobre el Dispositivo de Defensa Aldomare (DMA), pero aún se desconoce su uso. De repente, Xiaozhi notó que una chica en el segundo piso guardaba sus materiales de pintura: era la chica de antes. Xiaozhi decidió averiguarlo y persiguió a Pikachu. Después de perseguirlo todo el camino, Xiaozhi y Pikachu llegaron a un hermoso jardín. Hay algunas losas de piedra incrustadas en el suelo en lo alto del jardín. El círculo circundante es la leyenda de Latios, Latias y Odomare, y se dice que el patrón en el medio registra el verdadero significado del dispositivo en el museo y la Gota del Corazón. Cómo utilizar.
Esa noche, las hermanas de los Phantom Thieves, Sanna y Lianne, se escabulleron en el jardín para capturar a Latios, y Latias se alejó volando del agua y encontró a Xiaozhi que dormía profundamente. Xiaozhi se sorprendió mucho al ver la repentina visita de la niña. Después de aclarar su mente, los dos caminaron por la ciudad y corrieron al museo. Cuando llegaron al museo, las hermanas Phantom Thieves ya habían activado el dispositivo y el color de las gotas del corazón también se había vuelto más oscuro. Todos trabajaron juntos para rescatar al moribundo Latios del DMA, que perdió energía y se detuvo. Sanna decidió tomar el corazón y retirarse. Con su toque, el corazón se hizo añicos y el dispositivo se puso en marcha de nuevo.
El agua en los canales de la ciudad fluía hacia el mar a una velocidad muy rápida. Todos salieron corriendo de la catedral. El mar frente a ellos había desaparecido, dejando solo un fondo marino. Con un fuerte rugido, una línea plateada, un enorme tsunami, se elevó del cielo. Latios y Latias salieron corriendo e intentaron usar sus habilidades sobrenaturales para calmar el tsunami, pero Latios se sacrificó en el proceso. El agua regresó a la ciudad, y el casco en forma de hoz y el pterosaurio fósil también se convirtieron en puntos de luz, regresaron al mármol del museo y se convirtieron en fósiles. Las monstruosas hermanas ladrones Sanna y Li quedaron atrapadas en el DMA. Latios se convirtió en otra gota de agua del corazón. De vuelta en el Jardín Secreto, Ben Gray puso nuevas gotas de agua de corazón en la piscina y el agua de la plataforma alta comenzó a fluir continuamente nuevamente.
Aoshi y su grupo estaban a punto de partir Justo cuando su barco de pasajeros estaba a punto de zarpar del puerto, una chica (Canon o Latias) en la distancia los saludó con algo en la mano y los persiguió. ellos, Xiaozhi pidió detener el barco. Después de atracar, Xiaozhi caminó hacia el muelle. La niña corrió, le entregó el cuadro que tenía en la mano, besó a Xiaozhi y luego volvió corriendo. Cuando el grupo se fue, vieron a dos Latios y Latias pasar rápidamente en el aire.