El cristianismo también comenzó a extenderse nuevamente en Fuzhou, y comenzaron a funcionar escuelas y periódicos. En 1847, los misioneros protestantes comenzaron a operar y construir iglesias en Fuzhou, y el catolicismo reanudó oficialmente sus actividades en Fuzhou. En 1853, la Iglesia Congregacional abrió la primera escuela secundaria misionera y la primera escuela para niñas en Fuzhou. En 1874, la Asociación Estadounidense-Israelí fundó el primer periódico chino, "Huangshan Messenger", en Fuzhou, con Huang Naisong como escritor principal. Ese mismo año se fundó en Fuzhou la primera publicación infantil de China, la publicación integral en idioma extranjero "Children's News". Aunque el cristianismo se extendió rápidamente en Fuzhou, de vez en cuando todavía se producían conflictos entre la iglesia y los no creyentes locales. En 1878, estalló el incidente del misionero Wu Shishan.
Después del surgimiento del Movimiento de Occidentalización, en 1866 (el quinto año de Tongzhi), el gobierno Qing estableció la Oficina de Transporte Marítimo de Fujian (luego cambiada a Oficina de Transporte Marítimo de Fuzhou) en Mawei y fue nombrado Primer Ministro Shen Baozhen. como Ministro de Transporte Marítimo y presidió la Oficina de Transporte Marítimo de Fujian. Ese mismo año, se inauguró la Escuela de Construcción Naval de Fujian en Mawei. Fuzhou se convirtió en la cuna de la marina moderna de China. Desde entonces, hasta los primeros años de la República de China, la marina china casi siempre estuvo dominada por oficiales de Fuzhou. Desde 65438 hasta 0875, Ding Richang presidió la Administración de Transporte Marítimo de Fuzhou y comenzó a enviar estudiantes de la Escuela de Transporte Marítimo a Inglaterra y Francia para estudiar maquinaria y fabricación. Durante la guerra chino-francesa de 1884, se produjo la batalla de Majiang en el puerto de Mawei, Fuzhou, y toda la Armada de Fujian fue aniquilada. Para defenderse de los enemigos, la dinastía Qing tuvo que colocar minas en el río Fuzhou. El 29 de enero de 1888, se construyó y botó en Mawei el primer buque de guerra blindado de China, el "Wei Ying". Durante finales de la dinastía Qing, la modernización de Fuzhou estuvo por delante de la de otras ciudades de China. La primera línea telegráfica en Fuzhou se instaló en 1876 y el primer sistema de agua potable apareció en el distrito de Cangshan en 1879. En 1900, la electricidad se introdujo en Fuzhou por primera vez y se utilizó en los hospitales de la misión y las escuelas secundarias del condado de Minqing. La primera empresa privada de iluminación eléctrica de Fuzhou se estableció en 1909.
En febrero de 1906, se estableció la rama de Fujian del Tongmenghui chino en la Sociedad de Bienestar Público de Qiaonan en Meiwuding. Zheng Zuyin era el presidente y Lin era el supervisor principal, responsable de dirigir el movimiento revolucionario de Fujian. Después del movimiento constitucional de la dinastía Qing, en 1909 se inauguró la Oficina Asesora Provincial de Fujian y el Tongmenghui también intensificó sus actividades. El 5 de noviembre de 1911, Sun Daoren del nuevo ejército se unió al ejército aliado. El 9 de noviembre, la Alianza de Fujian anunció el Levantamiento de Restauración de Fuzhou. El ejército revolucionario capturó Yushan y la Mansión del Gobernador, y las tropas Qing se rindieron. Song Shou, gobernador de Fujian y Zhejiang, se suicidó en Fuzhou. Los Tongmenghui ocuparon Fuzhou y establecieron el gobierno militar de Fujian.
Al final de la dinastía Qing, el pueblo de Fuzhou inició una nueva ola de inmigración al sudeste asiático, concentrada principalmente en Minqing, Gutian, Fuqing y otros condados y ciudades. Los principales lugares de inmigración incluyeron Malasia, Indonesia, Singapur y Brunei, con Huang Naixiang liderando a los inmigrantes a Shiwu, Sarawak, que más tarde se convirtió en la ciudad más grande de Fuzhou en el sudeste asiático. Los inmigrantes Shi Zhaoyuan en la península malaya también tienen un trasfondo cristiano obvio.