La Universidad de Coimbra está gobernada por el Presidente, el Senado y la Asamblea, que es responsable de la elección del Presidente y de los miembros del Senado. El Presidente y el Consejo de Asuntos Académicos son los principales responsables de la dirección estratégica y la gestión general de la universidad, mientras que el Consejo de Asuntos Académicos cuenta con la asistencia del Comité Administrativo. La Universidad de Coimbra está dividida en ocho departamentos diferentes (Facultad de Artes, Facultad de Derecho, Facultad de Medicina, Facultad de Ciencia y Tecnología, Facultad de Farmacia, Facultad de Economía, Facultad de Educación y Psicología y Facultad de Educación Física) con una población estudiantil total de aproximadamente 25.000. De todos los departamentos de la Universidad de Coimbra, la Facultad de Ciencia y Tecnología (FCCTUC) tiene el mayor número de profesores y estudiantes, otorga el mayor número de títulos y tiene el mayor número de aulas y sitios de investigación. La Universidad de Coimbra cuenta con el Instituto Nacional de Derecho y el Hospital Universitario de Medicina de Coimbra (HUC). La Universidad de Coimbra cuenta con una gran Biblioteca Central de la Universidad de Coimbra, el Jardín Botánico de la Universidad de Coimbra, el Estadio de la Universidad de Coimbra y otros recintos deportivos (Estadio de la Santa Cruz), planetario, editorial, Iglesia de San Miguel, Gil Vincent College Theatre, así como numerosos comedores y espacios de estudio. Además, la Universidad de Coimbra gestiona varios museos e instituciones culturales, incluido el Museo de Ciencias de la Universidad de Coimbra, el Museo de Arte Sacro de Coimbra, el Museo de la Academia y la famosa Biblioteca João Nina.
Las principales áreas de enseñanza de la Universidad de Coimbra:
Área 1 (campus antiguo, biblioteca central, oficina de gestión, facultad de derecho, facultad de medicina, escuela de artes liberales, facultad de psicología y educación , sede del Departamento de Ciencias Naturales, construido antes del siglo XVI y ampliado entre el siglo XVIII y 1946-1960).
Distrito 2 (donde se ubica la Facultad de Ingeniería y Ciencia y Tecnología, construida en las décadas de 1990 y 2000)
Distrito 3 (la Facultad de Medicina, la Facultad de Farmacia y la Universidad Hospital de Coimbra, construido en los años 1980, ampliado en 2000).
Campus Económico (Ciencias Económicas y Sociales, fundado en los años 1970)
Campus de Educación Física y Educación Física (construido a finales de los años 1990)