En septiembre de 1840, Hughes compró casi la totalidad de Rose Hill Estate en Fordham, Bronx, Nueva York, por menos de 30.000 dólares, y la utilizó para construir el Seminario St. Joseph, con el propósito de imitar a su alma. mater, Universidad Mount Saint Mary. "Rose Hill" fue nombrada por el propietario de este lugar, Robert Watts, en 1787. Robert es un rico hombre de negocios de Nueva York. Su hogar ancestral en Escocia es Rose Hill. Cuando la escuela abrió sus puertas el 21 de junio de 1841, el nombre de la escuela se cambió del plan original a St. John's College, con solo 6 estudiantes en ese momento. El reverendo John McCloskey (181065438-1885), futuro arzobispo de Nueva York y cardenal de los Estados Unidos, se convirtió en el primer presidente de la escuela, y todo el profesorado y el personal eran clérigos. En los últimos cinco años, la escuela ha acogido como directores a cuatro sacerdotes diocesanos. Entre ellos, el reverendo James Roosevelt Bailey (1814-1877) era sobrino lejano del 32º presidente de los Estados Unidos (Franklin D. Franklin Roosevelt +0882-1945). También era sobrino de Elizabeth Ann Seton (1774-1821), la primera católica nativa de los Estados Unidos.
En 1845 se terminó la Iglesia de Nuestra Señora del Seminario. Ese mismo año, el obispo Hughes reclutó a un grupo de sacerdotes católicos del St. Mary's College en Maryland y Kentucky para aumentar el personal docente. En 1846, la universidad fue fundada por la Asamblea del Estado de Nueva York. Aproximadamente tres meses después, los primeros jesuitas llegaron al colegio y el obispo Hughes hizo una escritura transfiriendo la administración del colegio pero reteniendo alrededor de nueve acres de tierra como propiedad total del colegio. La Universidad de Fordham abrió su primera escuela en Manhattan en 1847 y fue administrada de forma independiente por San Francisco Javier en 1861. En 1847, el escritor y poeta estadounidense Edgar Allan Poe (1809-1849) visitó Fordham y se hizo amigo de toda la vida de los jesuitas del colegio. En 1849, Edgar Allan Poe publicó su famoso poema "Las campanas", parte del cual se cree que se inspiró en el tañido de las campanas de la universidad.
El plan de estudios de St. John's College cubre cursos introductorios (como cursos básicos, que incluyen cuatro años de estudio de latín, griego, gramática, literatura, historia, geografía, matemáticas y religión) y cursos avanzados (como como cursos universitarios, Incluye tres años de estudio en humanidades, retórica y filosofía). El coronel Robert Gold Shaw (1837-1863), general de la 54.ª Infantería Voluntaria de Massachusetts del Ejército de la Unión durante la Guerra Civil, tomó cursos preliminares en St. John's College. Los estudiantes que completen sus años junior y senior pueden obtener una licenciatura en artes, además de una maestría en artes, si estudian un año adicional de cursos de filosofía. Al igual que las escuelas de negocios de las universidades modernas, St. John's ofrece certificados académicos en lugar de títulos como alternativa a los cursos tradicionales. En 1855, la escuela representó su primera obra de teatro en la que participaron estudiantes, Enrique V. Cuando el seminario cerró en 1859, todas las propiedades se vendieron a los jesuitas por 40.000 dólares al año siguiente.
Como resultado de un proyecto de ley aprobado por el Congreso que exigía que los colegios y universidades impartieran instrucción en ciencias y tácticas militares, se formó un cuerpo estudiantil en St. John's College. De 1885 a 1890, el teniente Herbert C. Squires del 7.º Regimiento de Caballería del Ejército de los EE. UU. estableció un ejército de estudiantes de unas 200 personas en la escuela, que hoy es el prototipo del ROTC de la Universidad de Fordham. St. John's College estableció un edificio de ciencias en 1886, lo que elevó el estatus de los cursos de ciencias en el plan de estudios de la universidad. Además, la escuela también ofrece una licenciatura en ciencias de tres años. En 1897, las togas académicas aparecieron por primera vez en las ceremonias de graduación. La Facultad de Derecho y Medicina se añadió en 1905. En 1907, St. John's College pasó a llamarse Universidad de Fordham. El nombre "Fordham" proviene del pueblo de Fordham donde se encuentra el campus de Rose Hill. El pueblo lleva el nombre de un vado cerca del río Bronx. En inglés se le conoce como "Ford next to Hamlet", que puede abreviarse como "Fordham". Cuando Fordham y varias otras ciudades del condado de Westchester se incorporaron al Bronx a principios del siglo XX, el pueblo se convirtió en la comunidad de Fordham en el Bronx. La comunidad sobrevive hasta el día de hoy y su ubicación actual está en el lado oeste de Rose Hill.
En 1908, se fundó Fordham University Press. En 1912, la universidad estableció la Facultad de Farmacia y ofreció un curso de medicina de tres años.
Hasta la década de 1930, a los estudiantes no se les exigía obtener una licenciatura, por lo que la mayoría de los estudiantes eran judíos. Además, los estudiantes judíos estaban exentos de los cursos de teología católica que entonces se exigían. El antiguo decano de la Facultad de Farmacia, Jacob Diner, también es judío.
Después del cierre de St. Francis Xavier en 1913, muchas universidades de la Universidad de Fordham eligieron operar en el edificio Woolworth en el bajo Manhattan, el predecesor del Lincoln Center de la Universidad de Fordham. Más tarde, las universidades se trasladaron al 302 Broadway.
En 1919, la Universidad de Fordham cerró oficialmente su facultad de medicina debido a donaciones insuficientes y limitaciones financieras causadas por la Primera Guerra Mundial. En 1920, se estableció la Escuela de Negocios Gabelli en Manhattan y fue nombrada Escuela de Contabilidad en la tiempo. 1944 Con el apoyo del GI Bill y los veteranos, se estableció la Escuela de Estudios Continuos y Profesionales.
El programa de fútbol de la Universidad de Fordham comenzó en 1882, pero no se hizo famoso a nivel nacional hasta principios del siglo XX. El equipo de fútbol de la Universidad de Fordham sale a participar en varios eventos importantes. Tan pronto como salen, el Polo Grounds y el Yankee Stadium se llenan de espectadores. Al mismo tiempo, el equipo de la escuela también participó en el juego Cotton Bowl y ganó el Campeonato de la Liga Intercolegial Sugar Bowl. Bajo el liderazgo de los entrenadores del equipo escolar Jim Crowley y Frank Leahy, el equipo de fútbol de la Universidad de Fordham produjo el famoso grupo ofensivo "Granite Seven". El 30 de septiembre de 1939, el equipo de fútbol de la Universidad de Fordham participó en el primer partido de fútbol televisado de la historia, derrotando al equipo de Wayne College con una ventaja absoluta de 34 a 7. Durante la Segunda Guerra Mundial, el rugby estuvo temporalmente suspendido. La Universidad de Fordham no reanudó su programa de fútbol hasta 1946. Sin embargo, el equipo de rugby restaurado no tuvo tanto éxito como antes y era insostenible debido al aumento de costos, por lo que el programa de rugby se archivó nuevamente en 1956. En 1970, el programa de fútbol de la Universidad de Fordham fue restaurado y se unió al tercer nivel de la NCAA. Ascendió al primer nivel en 1989. En 1961, el campus del Lincoln Center se inauguró oficialmente como Proyecto de Renovación de Lincoln Square, pero no fue hasta 1969 que la sucursal del centro de la Universidad de Fordham se mudó a su nueva ubicación desde 302 Broadway. Thomas More College for Women se estableció en Rose Hill en 1964, adyacente al campus Rose Hill de la Universidad de Fordham. A finales de la década de 1960, la Universidad de Fordham se convirtió en el centro de los movimientos de derechos civiles y contracultura. Durante este período, los estudiantes de la escuela realizaron regularmente protestas y huelgas, e incluso consumieron abiertamente drogas alucinógenas en las áreas públicas de la escuela. En respuesta a las demandas de libertad académica y curricular de los estudiantes, la escuela abrió Ben Salem College en 1967. La universidad no establece calificaciones ni requisitos académicos, y solo sirve para la investigación de los estudiantes. Desde su creación, la universidad ha atraído investigaciones de muchos educadores, y revistas populares como "Look", "Esquire" y "Saturday Review" han informado detalladamente sobre ello. Sin embargo, la universidad cerró en 1974.
En 1969, debido a que el entonces presidente Richard Nixon iba a pronunciar un discurso en la universidad, los estudiantes de la Universidad de Fordham organizaron una sentada de protesta camino al campus de Rose Hill y el discurso de Nixon fue cancelado. Un año después, los estudiantes irrumpieron en el edificio administrativo del campus principal y lo ocuparon durante semanas. Durante este período, los estudiantes prendieron fuego a la sala de profesores. Durante el apogeo del movimiento político, los departamentos africano y americano de la universidad anunciaron conjuntamente la creación de un periódico estudiantil de izquierda. Este fue también el primer departamento universitario en los Estados Unidos en estudiar la cultura negra. Si bien el humo del movimiento político del campus de Rose Hill se ha disipado, el movimiento político en el Lincoln Center sigue activo: los estudiantes organizan regularmente protestas en apoyo de una variedad de ideas políticas.
En 1969, se estableció una Junta Directiva compuesta por mucho personal no docente, convirtiendo así a la escuela en una institución académica independiente. En 1972, la Facultad de Farmacia cerró debido a la disminución de la matrícula. En 1974, la Escuela para Niñas Thomas Moore se fusionó con la Universidad de Fordham en Rose Hill, haciendo que la escuela fuera mixta.
En 1993, se añadió un edificio de dormitorios académicos de 20 pisos al campus del Lincoln Center, con capacidad para 850 estudiantes. Durante 1996, el departamento de pregrado en el campus del Lincoln Center experimentó varios cambios de nombre y finalmente pasó a llamarse Fordham College at Lincoln Center. Desde su fundación en 1969, el campus ha utilizado los nombres "Facultad de Artes Liberales" y "Colegio del Lincoln Center". En julio de 2002, Marymount College, una escuela independiente para niñas fundada por la Sociedad del Sagrado Corazón de María (1907), se fusionó con la Universidad de Fordham debido a profundas dificultades financieras desde la década de 1960.
La universidad fusionada todavía está ubicada en Tarrytown, 40 kilómetros al norte de Manhattan, pero se ha convertido en una división de la Facultad de Educación Continua y Profesional y también imparte programas de posgrado en educación, servicios humanos y gestión empresarial. ,
En 2005, la Universidad de Fordham anunció que Marymount College se separaría. En mayo de 2007, el último grupo de graduados después de la fusión se fue después de obtener sus títulos. Aunque Marymount College se ha dividido, algunos de los programas de posgrado de la Universidad de Fordham aún se llevarán a cabo en la escuela. En el otoño de 2007, la Universidad de Fordham anunció que cambiaría de manos al Marymount College. En este sentido, la explicación de la escuela es que los fondos para mantener el campus han excedido con creces la capacidad de la escuela para soportarlos. Aunque la escuela estimó más tarde que las ganancias de la venta de Marymount College serían menores que el costo de continuar operando y mejorar las condiciones de la escuela, el director Paul McShane aún dijo que la venta del campus era sin duda "patética". Con ese fin, Fordham dijo que planea trasladar los programas restantes en Marymount College a Harrison, Nueva York, para el otoño de 2008. El 17 de febrero de 2002, la escuela anunció que vendería el campus de Marymount a EF Education First, que opera una escuela de idiomas, por 27 millones de dólares. Como resultado, la Universidad de Fordham recaudó con éxito 540 millones de dólares en cinco años, superando su plan de recaudación de fondos original de 500 millones de dólares.
Actualmente, el campus del Lincoln Center está siendo renovado y actualizado, y el nuevo edificio de la facultad de derecho y los dormitorios de estudiantes universitarios también se están entregando para su uso, mientras que el edificio original de la facultad de derecho se está renovando para albergar la Escuela de Negocios Gabelli. . Además, los planes a largo plazo incluyen un nuevo edificio de biblioteca y un edificio que alberga los departamentos de educación y servicios sociales de la escuela de posgrado.
Desde 2014, la escuela se ha enfrentado a múltiples protestas estudiantiles contra sus políticas. Como escuela de tradición católica, la escuela se compromete a prohibir la distribución y el uso de anticonceptivos. Activistas de la prohibida organización estudiantil Estudiantes por el Sexo, la Igualdad y la Seguridad de Género (SAGES) protestaron contra la política. Organizaron la distribución de condones y varios eventos para sembrar el caos. Hoy en día, continúan los llamados a la reforma escolar.